O Departamento de Almoxarifado é órgão subordinado a Diretoria Administrativa, a quem compete administrar e gerir o estoque dos bens patrimoniais, dos materiais de consumo, realizar a gestão dos materiais permanentes, emissão de termos de responsabilidades, notas de transferência e outras atividades correlatas. A responsável pelo setor na 20ª Legislatura é Tânia Mares Loureiro Martins.